Александр Филиппович Самойлов занимает видное место в отечественной и мировой физиологической науке. Он выполнил фундаментальные исследования, положившие начало современной теоретической и клинической электрокардиографии. Его научные взгляды складывались под влиянием нового физико-химического направления в физиологии. Самойлов достиг больших достижений в этих областях благодаря основательным знаниям по физике, химии и математике. Учителями Самойлова были И.М. Сеченов и И.П. Павлов.
Казанская физиологическая лаборатория Самойлова имела славу первоклассного электрофизиологического центра, труды ученого получили признание еще при жизни. Он является одним из основоположников клинической физиологии, задачи и перспективы которой изложены в статье «Организм человека как объект физиологического исследования» (1925).
Роль Самойлова в развитии электрофизиологии высоко оценена его современниками. И.С. Беритов в 1929 г. писал: «… Ваш авторитет в области электрофизиологии стоит выше других специалистов-электрофизиологов». Преемник Самойлова по Казанскому университету, советский электрофизиолог Д.С. Воронцов отмечал, что применение струнного гальванометра при изучении электрических реакций мышц и нервов способствовало развитию электрофизиологии. «… Благодаря своим методическим достижениям и исследовательскому таланту, он … играл руководящую роль в электрофизиологии… Надолго сохранится влияние Самойлова в науке!».
Самойлов первым в мировой науке пришел к твердому убеждению о взаимодействии нервных клеток между собой с помощью химических посредников, и получил экспериментальное доказательство своей гипотезы. Это открытие имело фундаментальное значение для развития представлений о процессах возбуждения и торможения в центральной нервной системе.
Академик Л.А. Орбели отмечал (1949): «Самойлов на много лет предвосхитил то, что является сейчас основным положением в физиологии!».
Самойлов по-новому подошел к учению о рефлексе, он сформулировал новое понятие в физиологии «о замкнутом рефлексе» и «замкнутой рефлекторной дуге». «Во всех случаях, — обобщал он,- «когда мы удерживаем определенное положение нашего тела .., в теле образуются кольцевые пути из нервных и мышечных элементов, по которым бегут импульсы возбуждения. Смена одной позы другой сопровождается переходом возбуждения с одних кольцевых путей замкнутого рефлекса на другие».
Самойлов был убежден, что электрофизиология должна помогать решению многих вопросов клинической медицины. Он отмечал, что «электрофизиологический метод перестает быть источником академического теоретизирования о сущности процесса возбуждения, и переходит на службу разработки насущных физиологических вопросов».
С тех пор электрофизиологический метод становится основным, как в фундаментальных, так и прикладных исследованиях.
Научный авторитет профессора А.Ф. Самойлова получил широкое признание. Его труды печатались в Пфлюгеровском архиве, он состоял в научной переписке с более сорока иностранными выдающимися учеными — В. Эйнтховеном, Р. Магнусом, А. Радемакером, У. Кэнноном, Дж. Фултоном, К. Ротбергером, Э. Эдрианом, П. Уайтом, А. Хиллом и другими.
В 1930 году по постановлению ЦИК и Совнаркома ТАССР за выдающуюся плодотворную, долголетнюю научную и педагогическую деятельность и в связи с 125-летием Казанского университета профессор А.Ф. Самойлов был удостоен звания заслуженного деятеля науки и награжден Государственной премией им. В.И. Ленина.
Академик Л.А. Орбели отмечал (1949): «Самойлов на много лет предвосхитил то, что является сейчас основным положением в физиологии!».
Александр Филиппович Самойлов благодаря своему незаурядному таланту, целеустремленности в отыскании научной истины стал одним из выдающихся ученых нашего времени. Физиологи Казанской физиологической школы чтят память великого ученого.